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Die Alz beherbergt eine große Vielfalt an Fischarten und Kleinstlebewesen. Fischmonitorings durch das Büro für Naturschutz-, Gewässer- und Fischereifragen weisen sechzehn verschiedene Fischarten in der Alz auf, darunter Forellen, Barben, Aitel, Elritze, Nasen und viele mehr.

Aus dem Inn wandern besonders bei Frühjahrshochwässern Nasenschwärme, Barben und Forellen in die Alz, auch um dort Laichplätze aufzusuchen. Nach Beendigung der Schneeschmelze aus dem Gebirge sinkt der Wasserspiegel der Alz zurück, so dass eine große Zahl der Laichfische und später auch ein großer Teil der Brut wieder zurück in den Inn wandert. Dies ist auch ein Grund, warum die ökologische Durchgängigkeit der Alz für den Fischbestand so wichtig ist und dieser einen  hohen Stellenwert bei der Renaturierung genießt.